1806年拿破仑率军从勃兰登堡门（Das Brandenburger Tor）进入柏林，成为了柏林新的主人。趾高气昂的法军通过菩提树下大街（Unter den Linden）的情景，深深烙进德国人的心中，大大激发了德国人反抗侵略、建立强大统一的民族国家的渴望。拿破仑下令将勃兰登堡门上的胜利女神驷马战车雕像卸下，作为战利品运往巴黎，直到1814年普鲁士在解放战争中攻占巴黎，它从重新回到柏林。
就德国而言，拿破仑战争最明显的影响是减轻了德国四分五裂的割据局面。大量旧的帝国直辖市、骑士领地和小邦被取消或并入大邦。几百个独立邦国最终减少到30个。之后，拿破仑召集拜仁、符腾堡、萨克森等德意志邦国，组建“莱茵联盟”（Rheinbund），他自己成为其绝对统治者，在联盟内大力推行改革。
然而，普鲁士也不甘屈服于拿破仑的统治，效仿拿破仑开始改革。改革的发起者施泰因男爵（Der Freiherr vom Stein）推行了包括经济、文化和政治等一系列划时代的国家改革。这一时期，著名的教育家威廉洪堡（Wilhelm von Humboldt）在柏林创办了洪堡大学，奠定了德国科技和经济发展的教育基础。
1812年拿破仑侵略俄罗斯全面失败。其在欧洲大陆上建立的强大帝国也随之土崩瓦解。最终其本人被流放到孤岛中，在绝望和凄凉中死去。然而，拿破仑对欧洲大陆的影响却没有因此消亡。普鲁士和德意志其它邦国的改革深深动摇了传统封建统治。在反抗拿破仑统治斗争中激发出的德国人民族意识，大大推进了德国统一的进程。短短六十余年后，普鲁士就最终实现了统一大业，恢复了德意志民族往日的荣耀。
