由于美国和日本利益上的冲突,FS-X一开始就陷入了困境。首先是双方争执合作协议书(Memorandum of Understanding, MOU)的细节,主要是双方都想在研制制作过程中占多一些比重,另外美技术转让也是一大难题。日本想在国内研制,美国却希望在美国进行以提高就业机会。技术移转方面美国不愿意把关键技术给日本,怕日本学会了以后与之竞争。因此美国坚持拒绝转让线控技术源代码,导致整个FS-X计划拖延了二年。最终协议是将FS-X主承包商是日本三菱重工公司,美国通用动力公司(现改为洛克希德公司渥斯堡厂)和日本川崎重工、富士重工为合作厂商。整机由三菱重工组装,并负责机身前段和左主翼;川崎重工负责机身中段、主起落架舱门和腹鳍;富士重工负责机头、进气口段与水平尾翼和垂尾;洛克希德渥斯堡厂负责机身后段和右翼。一架飞机两个主翼竟然在太平洋两岸制造,可谓绝无仅有。日本三菱电机公司负责火控雷达和电子战系统,美国通用电子公司负责发动机。